Asiakirjoissa Kirstulan nimi mainitaan jo 1440 -luvulla. Eri lähteiden mukaan kuului Kirstulan kylä 1500 -luvun alussa laajaan Mäskälän pitäjään ja kylä käsitti silloin kolme tilaa: Maunulan verotilan, Glasilan eli Lasilan ja Porilan rakuunatilat. Näiden mainittujen tilojen lisäksi kuului kylään vielä kaksi rälssitilaa.

1700 -luvun lopulla silloisen Hämeenlinnan pormestarin Gottlieb Johnin tekemien maakauppojen yhteydessä Kirstulasta tuli suurtila ja tällöin sitä alettiin kutsua Kirstulan kartanoksi. Pormestari Gottlieb Johnin ja hänen poikien aikana Kirstulan kartanosta kasvoi komea maakartano uusine päärakennuksineen.

Vuonna 1842 Gottlieb John nuoremman liiketoimet ajautuivat konkurssiin ja apteekkari, nimineuvos Gabriel Dobrovolski osti kartanon konkurssihuutokaupasta.

Häneltä kartano siirtyi vuonna 1852 kenraali Carl August Standerksjöldille. Kenraalin tiedetään viettäneen vain kesiään Kirstulassa. Fanny -rouva osallistui aktiivisesti kartanon taloudenpitoon ja hänen aikanaan kartano oli eturivin maanviljelystila suoviljelyksineen ja viljelykokeiluineen.

Kirstulan seuraava omistaja oli Carl August ja Fanny Standerksjöldin poika Carl Henrik Johan. Hänellä kartano oli aina vuoteen 1915, jolloin hän myi Kirstulan veljensä pojalle Gustaf Herman Standerksjöld-Nordenstamille. Carl Henrik Johanin tytär Fanny Adele oli tyytymätön kauppaan ja nosti siitä oikeusjutun serkkuaan Gustaf Hermania vastaan voittaen jutun. Nykyinen Kirstulan kartano kuitenkin jäi Carl Henrik Johanille, Fanny serkku sai maita muualta.

Kirstulaa koetteli syksyllä 1925 kova lavantautiepidemia joka sai alkunsa siitä, että kuivan kesän seurauksena kartanon kaivosta loppui vesi ja sitä alettiin ottaa järvestä. Kartanon väestä kaikkiaan kahdeksan ihmistä kuoli, heidän joukossaan isäntä Gustaf Herman Standerksjöld-Nordenstam. Gustaf Hermanin vaimo Stella o.s. Rebinder oli Viron saksalaisia ja kreivillistä sukua. Kaksi vuotta miehensä kuoleman jälkeen hän myi Kistulan ja muutti takaisin Viroon.

Stella Rebinderin jälkeen Kirstula vaihtoi omistajia nopeaan tahtiin ja se päätyi lopulta Kansallis-Osake-Pankin omistukseen. KOP vuokrasi kartanon vankeinhoitohallitukselle vuonna 1933. Vuokralla Kirstula oli vuoteen 1939 saakka, jolloin Kansallis-Osake-Pankin silloinen pääjohtaja Mauri Honkajuuri osti sen pankilta itselleen.

Pääjohtaja Honkajuuri aloitti pahasti rappeutuneen kartanon kunnostuksen. Etelä-Pohjanmaalta kotoisin ollut Honkajuuri muun muassa kutsui kuvanveistäjä Hannes Autereen suunnittelemaan päärakennuksen yläkertaan suuren Pohjalaisen salin.

1950 -luvun alussa kartano siirtyi Pääjohtaja Mauri Honkajuuren pojalle Agronomi Jaakko Honkajuurelle. Hänen aikanaan vuonna 1956 kartanolle perustettiin muun muassa herneiden säilyketehdas. Vuonna 1968 Jaakko Honkajuuri rakennutti päärakennuksen yhteyteen noin 200m2 uimahallin. Agronomi Jaakko Honkajuuri kuoli 88 -vuotiaana vuonna 2001.

Vuoden 2003 lopussa kartano siirtyi Jaakko Honkajuuren pojan Tuomas Honkajuuren omistukseen. Tämän jälkeen kartanolla aloitettiin suuret remontti- ja entistämistyöt, jotka valmistuivat vuoden 2005 aikana. Nykyään kartano on asuinkäytössä ja lisäksi järjestämme erilaisia juhlia ja muita tilaisuuksia.